Работа посвящена развитию теории и методов формирования и эксплуатации транспортных систем на основе экономической эффективности. Разработан комплекс моделей и методов формирования территориальных транспортных систем предусматривающих определение их уровней и функциональных элементов, принципов сочетания объектов различных уровней системы используя кластерную систему. Рассмотрена методика структурно-параметрического синтеза и оптимизации функционирования многоуровневых систем, которые позволяют провести распределение финансов на содержание различных уровней системы. Предложена методика оценки экономической составляющей критерия эффективности функционирования транспортной системы с транспортным коридором. Разработана математическая модель взаимодействия железной дороги с морским портом при прямой перегрузке судна в логистическом парке транспортного коридора, которая позволяет оптимизировать затраты на эти операции.